方舟子只相信科学的“真”，不相信宗教的“善”。他写了大量的文章，用科学的观点对宗教信仰、传统迷信和习俗进行攻击和批判。他既批评基督教，也批评道教，甚至敢于无视宪法规定的“宗教信仰自由”，直接对公民个人进行攻击，如信仰佛教的著名歌手王菲。科学狂热的背后，体现出的是对科学史的无知。科学本来就是宗教的产物。经历了希腊罗马的光辉时代后，公元5世纪西方进入黑暗时代，文化凋零。这时候，只有基督教保存了文化的火种，教会人们看书识字，传授“七艺”。12世纪，大学在基督教内部产生，随着希腊文化在这些大学中的讲授和传播，西方在15世纪迎来了文艺复兴。那时候，人们有着虔诚的信仰，相信自然是上帝的杰作，为了认识和理解上帝，人们沉湎于对于自然的研究。研究很快超出宗教的范围，并与宗教产生内在的紧张和冲突。布鲁诺之死，标志着科学终于割断与宗教的脐带，正式诞生了。宗教里产生了实用性的科学，但宗教信仰更重要的意义却不是实用和物质性的，而是精神性的价值。宗教不仅告诉人们应该如何生活，如何对待自己的邻人和朋友，还赋予生活以目的和意义。科学无论如何也不可能推理出这些意义和价值。一个最典型的例子是美国的《独立宣言》。《独立宣言》讲到，“人人生而平等，造物者赋予他们若干不可剥夺的权利，其中包括生命权、自由权和追求幸福的权利。为了保障这些权利，人类在他们之间建立政府，而政府之正当权力，是经被治理者的同意而产生的”。这段话的第一句就提到了上帝造人，即“All men are created equal”（译为“人人生而平等”），上帝创造了人类，因而在上帝面前人人享有自由、平等、追求幸福等权利，只是为保障这些权利，人类才建立起政府。由此，人们不难发现基督教在美国社会中的核心地位。西方社会正是在基督教提供的核心价值和精神追求下，成为一个和谐、健康、可持续发展的体系。