元代，推广民族分化和民族歧视政策，将元帝国内的各族人分为四等：第一等是蒙古人；第二等是色目人，包括中亚各族人，西夏人，维吾尔人；第三等是汉人，指的是完颜金朝统治下的各族人，包括汉族，女真族，契丹，渤海等族人；第四等是南人，指南宋境内的各族人。
由于蒙古人对南人的歧视压迫，统治手段极端残暴，自元建国起，每年发生的反元时件都不下数十起。
摩尼教在元建国之初一度被政府册封，但不久即被禁。而白莲教的另一支佛教的华严宗的支派白云宗，勾结豪民，广置田室，为恶地方，操纵地方政权，偃然成了元帝国里的国中之国。元成宗大德10年，公元1306年，白云宗被禁，信徒数万人，由地方官府严加看管，田室被充公。其后白云宗多次复立，成为扰害地方的佛教集团。
在元朝统治者的高压政策下，五斗米道，摩尼教，净土宗，天台宗，白云宗，大乘教，弥勒教，三阶教等民间宗教的组织，教义互相融合补充，形成了一个庞大的宗教体系~白莲教正式走上历史的舞台。并且公开与元政府武力对抗，并终结了蒙古人对中原的统治。
元至正11年，公元1351年，4月，白莲教首领韩山童，刘福通在治理黄河的河夫中宣传：弥勒降生，明王出世，光明就要来临。又在黄陵岗，今河南兰考，工地下埋了一个一只眼的石人，背刻：莫道石人一只眼，此物一出天下反。不久石人被河夫挖出，轰动黄河两岸。5月，韩山童与刘福通在永年聚众3000人，派人四处联络教众，头裹红巾为号，号称红巾军，从者数十万。红巾军攻占元朝米仓朱皋镇，开仓散米，接着攻占河南，淮西多处州县，打败官军30万。
元至正12年，1352年1月，竹山教民孟海马，布王三起事，攻占襄阳。徐寿辉号召明教彭莹玉的信众，攻下汉阳，武昌，兴国，安陆，江州，袁州。2月，定远郭子兴，孙涯起事，占据濠州。4月，钟离人朱元璋从郭子兴于濠州。红巾军南北遥相呼应，占领了长江，淮河，黄河流域的广大地区，西起甘肃，四川，中经荆楚，东达河北，山东，把元朝统治区分为南北两段。
元至正15年，1355年，2月，刘福通等迎立韩山童之子韩林儿为皇帝，号小明王，国号宋，建元龙凤，建都亳州，为天下红巾军共主。元至正18年，1358年后，朱元璋采纳元池州学正朱升：高筑墙，广积粮，缓称王的建议，建立根据地，发展生产，扩充军队，为统一天下积聚力量。
1363年，朱元璋在鄱阳湖击败陈友谅，称吴王。
1366年，朱元璋发布讨伐张士城的《平周榜》，彻底与红巾军~白莲教，明教划清界限，称红巾军为：妖言既行，凶谋得逞，焚荡城郭，杀戮士夫，荼毒生灵，无端万状。
同年12月，朱元璋以迎回韩林儿回金陵为帝之名，在瓜布州渡江时沉船杀死韩林儿。
元至正27年，1367年，9月，朱元璋大将徐达攻克苏州，俘张士诚，又克庆元，今浙江宁波，迫使方国珍归降，统一了江南。
同年，朱元璋发表讨元令：驱除鞑虏，恢复中华，立纲陈纪，救济斯民，派大将徐达，常遇春北伐，进攻大都。明洪武元年，公元1368年，1月，朱元璋称帝，国号大明，年号洪武，定都南京。
明洪武20年，公元1388年，朱元璋统一中原。
朱元璋虽然借白莲教，明教在元末的势力建立起了大明王朝，但朱元璋清楚的看到白莲教巨大的危害，残暴的本质，对愚民的迷惑力。于1366年彻底和白莲教明教的红巾军划清了界限。
不仅如此，明朝建立后，朱元璋于洪武7年，公元1374年，颁行的《大明律》，礼律卷一中规定：凡师巫假邪神，书符咒水，扶鸾祷圣，自号端公，太保，师婆，及妄称弥勒佛，白莲社，明尊教，白云宗等会一应左道乱正之术，或隐藏图像，烧香聚众，夜聚晓散，佯修善事，煽惑人民，为首者绞，为从者各杖一百，流三千里。
但终其大明王朝一个朝代，白莲教非但未被剿灭反而愈演愈烈，并分裂出无数支派。
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